Výbor dobré vůle založila paní Olga, první manželka prezidenta České republiky (1933 – 1996), počátkem roku 1990 v tradici Výboru na obranu nespravedlivě stíhaných a Charty 77.
Byl registrován ministerstvem vnitra dne 12. dubna 1990. Výbor se zavázal působit na morální vědomí společnosti, upozorňovat na nedostatky v sociální politice státu a na nedostatky v práci sociálních, zdravotnických, školských a jiných institucí. Dále se rozhodl napomáhat organizačně i finančně podle svých možností v konkrétních případech, kterých se nemůže ujmout žádná jiná organizace nebo zařízení. A konečně podporovat a brát v ochranu nově vznikající humanitární projekty.
Dne 23. září 1992 byla registrována Nadace Olgy Havlové. Od toho okamžiku organizace používá složený název Výbor dobré vůle - Nadace Olgy Havlové. Paní Olga jako její zakladatelka dbala zejména na odborný přístup při posuzování žádostí a na účelné využití každého nadačního příspěvku, na pohotové poskytování pomoci a udržování kontaktů s dárci i obdarovanými. Těmito principy se nadace řídí dodnes.
Podle zákona č. 227/1997 Sb., o nadacích a nadačních fondech, byl Výbor dobré vůle – Nadace Olgy Havlové zapsán dne 14. prosince 1998 v nadačním rejstříku vedeným Městským soudem v Praze, oddíl N, vložka 69.
Sesterské organizace
Vznik Výboru dobré vůle - Nadace Olgy Havlové podnítil skupiny českých krajanů v západních zemích k zakládání organizací na podporu jeho činnosti.
Na počátku roku 1990 a v dalších letech tak vznikly sesterské organizace v Rakousku, Velké Británii, Norsku, Švédsku, Švýcarsku, Nizozemí, USA, Kanadě, Francii a Německu. Byl to výraz sounáležitosti krajanů se starou vlastí krátce po listopadu 1989. Všechny organizace měly statut dobročinných organizací ve své zemi, ale jejich finanční dary směřovaly na podporu programů Výboru dobré vůle. Většina aktivit, jako třeba klimatické pobyty dětí s oslabeným zdravím v Alpách, byla zaměřena na děti žijící v České republice, zpočátku ještě také ve Slovenské republice.
Každé dva roky pořádal Výbor dobré vůle setkání sesterských organizací. V roce 2000 byli zakladatelé a zakladatelky sesterských organizací vyznamenáni pamětní medailí Olgy Havlové k 10. výročí založení nadace.
Po roce 2004, kdy se Česká republika stala členskou zemí Evropské unie, zůstaly na mapě světa následující sesterské organizace:
- Canadian Czechoslovak Fund for Medicine and Rehabilitation, která podporuje vybrané projekty na pomoc dospělým lidem s mentálním postižením a romským dětem
- Olga Havel Foundation New York, která spravuje Sasakawa Asthma Fund z vkladu japonské nadace The Nippon Foundation
- Deutsche Freunde und Förderer der Olga Havel Stiftung, e. V. – spolek, který podporuje tzv. přeshraniční sociální a vzdělávací projekty v ČR